De projecten van Stichting Jonathan worden mede mogelijk gemaakt door:
Stichting Pedagogisch Sociaal Werk Midden-Limburg (PSW) 
PSW biedt zorg en ondersteuning aan volwassenen en kinderen met een verstandelijke handicap op die plek waar voor de individuele cliënt optimale kansen aanwezig zijn om een eigen leven te leiden.
De Fred Foundation 
De Fred Foundation is in 1996 opgericht door Fred Matser om bij te dragen aan een meer functionele maatschappij door middel van individuen en groepen te steunen in hun activiteiten.
De Fred Foundation heeft veel inspirerende projecten geïnitieerd, zowel in Nederland als internationaal. Deze projecten omvatten verschillende gebieden: het milieu, gezondheid, zorg voor kinderen, energieonderzoek, ontwikkeling van gemeenschappen en humanitaire hulp.
