De oprichting van de stichting Jonathan is voortgekomen uit het onderzoek dat eind jaren tachtig door Nel Coumans is uitgevoerd op verzoek van de toenmalige bisschop van Ndola, bisschop Dennis de Jong. De uitkomsten van dit onderzoek brachten aan het licht dat er voor mensen met een ernstige verstandelijk beperking helemaal geen voorzieningen waren, er veel kinderen verborgen gehouden werden en er vaak geloofd werd dat de handicap een straf van God was ofwel het werk van boze geesten. Een groep enthousiaste mensen in Limburg zag een enorme uitdaging om samen met het bisdom een steentje bij te dragen aan de verbetering van deze situatie.

Begin1990 werd onder verantwoordelijkheid van het Bisdom van Ndola gestart met het Community Based Rehabilitation (CBR) Project. Het eerste project, dat bestond uit een huisbezoekprogramma en een voorlichtingscampagne in twee arme wijken, is in de loop der jaren uitgegroeid tot een project dat werkt met vrijwilligers uit de gemeenschap en voornamelijk activiteiten in de armste wijken van alle grote steden in de Copperbelt provincie uitvoert. Hierbij staat centraal dat ieder kind recht heeft op een warme en veilige plek in de samenleving.
Stichting Jonathan geeft financiële steun aan specifieke onderdelen van het project, zoals:

• Fietsen en regenkleding voor de vrijwilligers van het  huisbezoekprogramma
• Ontwikkelingsmateriaal en gereedschappen voor de dagverblijven
• Voorlichtingsmateriaal en medicijnen voor het epilepsieprogramma
• Onderhoud van de dagverblijven
• Bijscholing van de medewerkers
• Nieuwe initiatieven